Но такие файлы не должны вызываться самостоятельно, а только из главного скрипта. Вот здесь мы и покажем три основных способа защиты их от запуска.

Каталог выше корня сайта
Самый простой способ - просто положить скрипты выше каталога www. Т.е. допустим, у Вас выделено место в каталоге /home/youhost.host/htdocs/. Каталог htdocs здесь является корнем сайта (не путать с корнем сервера). Тогда положите ваши скрипты в каталог /home/yourhost.host/ . И все! Из браузера Ваши скрипты будет не возможно увидеть.

Использование константы
Опять же несложный способ - использование функции define(). Просто напишите в главном файле (который вызывает модули) такую строчку (например):

define("index", "yes");
А в первой строке (по крайней мере до того как начнется чего-то важное) напишите следующую строку:

if(!defined("index")) die("Вы не имеете права на работу с этим файлом");
Все! Теперь при любой попытке запустить такой файл напрямую будет выводиться надпись "Вы не имеете права на работу с этим файлом", а сам скрипт выполняться не будет.

Как это работает? Функция define создает константу index. Далее выражение if при помощи другой функции defined проверяет наличие предопределенной константы, и в случае если константа неопределенна, выводит сообщение об ошибке и прерывает выполнение скрипта.

Использование .htaccess
Здесь есть очень много различных способов защиты всех внешних запусков. Суть у них одна. Создайте в папке с такими файлами-модулями файл .htaccess и пропишите:

<files ~ "*.*">
order allow,deny
deny from all
</files>

Все. Ни кто с наружи эти файлы запустить не сможет.

Можете написать примерно такую строчку:

<files ~ "^\_">
order allow,deny
deny from all
</files>

И называть все файлы-модули начиная с _ (_emter.php; _admin.php и т.п.).

Вообще с .htaccess можно сделать очень многое, и здесь я рекомендую обратиться к литературе по apache.